Me sorprende la cantidad de programas que usan, me da una referencia de la riqueza de conocimiento técnico que maneja, aunque sinceramente a términos de seguridad no me siento confiado de decir todas las herramientas que uso, eso puede ser una puerta de entrada para malos intencionados 
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Si las herramientas no trabajan a través de puertos, no se pueden acceder a menos que se logre ingresar al sistema por un puerto en el que corra otro programa y si un puerto está siendo usado, es muy fácil de obtener hasta la versión del programa que se está usando.
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me imagino que tienes mas experiencia que yo en seguridad informática, pero con escaneos en nmap hasta donde he visto si se pueden ver los puertos e incluso la versión, ahora sinceramente no he texteado una linux aun, pero pronto voy a ello.
Si, en efecto se pueden ver los puertos abiertos, pero no se abren solos.
Algunos programas utilizan puertos de manera automática y con otros te toca correr el servicio maualmente. El punto es que es algo que el usuario puede controla; sin puertos abiertos no hay por dónde entrar.
Hay buenas prácticas como los desarrolladores que corren el servicio de mariaDB o de cualquier otro motor de bases de datos solo cuando están desarrollando. Estos programas suelen habilitarse para iniciar automáticamente al encender el equipo o logearse.
Yo personalmente lo desactivo y solo lo inicio al momento de querer utilizarlo.
(Todo esto si estás en una red pública, en dónde no se puede verificar quienes son los demás que están usando la red o sus intenciones. En casa basta con configurar adecuadamente las reglas del router y nadie podra entrar)
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