Buenas, hoy estaba probando Bottles(en flatpak), y para seleccionar un .exe para ejecutar me pide que lo seleccione con el gestor de archivos supongo, pero cuando hago click absolutamente nada pasa.
Uso Gentoo OpenRC, mi Gestor de Archivos es PCMANFM.
Puede que flatpak tenga desactivado el acceso al filesystem? revisa los permisos.
Otra cosa que se me ocurre es que te falte xdg-desktop-portal.
Cómo mencionaron ya arriba, es común que aplicaciones en Flatpak tengan problemas aleatorios que con la versión habitual de la distribución no tiene.
Uno de los ejemplos y que me pasó personalmente es con Steam. Con Flatpak, Steam no abre.
(También me pasaba con un par de programas más pero ya no recuerdo).