no se se estoy formulando correctamente la pregunta, por recomendación de otros usuarios uso solo apt y flatpak cuando es necesario, aunque de preferencia apt, pero a nivel tanto filosofico como tegnico que los diferencia, incluyendo muchos otros mas
La gran diferencia está en el software disponible, ya que no solo depende de los repositorios si no de como el gestor de paquetes maneja la instalación del programa. La forma en la que un programa se instala, está relacionada a otros componentes que estructuran el sistema operativo. Debido a que en GNU+Linux existen muchos caminos al mismo destino, existen gestores de paquetes que se adecuan a cada situación.
Muy de la mano de eso, los repositorios disponibles están ligados también al gestor de paquetes.
Algunos programas como Tailscale revisan que gestor de paquetes está instalado antes de proseguir con la instalación.
La segunda diferencia está en el tipo de paquetes que manejan, como los .deb, .rpm y así.
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