Mi recomendación, primero que nada, es que apliques lo que aprendés a resolver un problema real. Sea cual sea el lenguaje que quieras aprender, queda mejor grabado en tu memoria si lo aplicás a un proyecto real, ya sea algo que utilices vos mismo en tu día a día o algo que te solucione muchos problemas juntos en el trabajo. Es la mejor forma de aprender a programar que he encontrado.
En cuanto a los lenguajes en sí, así como mencionaron antes tenés a Bash. Bash es muy bueno para automatizar tareas como el backup a archivos, se integra con las propias herramientas CLI y tiene cierta base y características básicas de un lenguaje de programación cualquiera.
Además de Bash está Python, del cual elaboré un curso introductorio en este mismo foro, totalmente gratuito para todo el mundo.
Es un lenguaje completo, sencillo, con una comunidad enorme, módulos y complementos para tirar por la ventana y te permite desarrollar lo que te propongas. Como todo lenguaje, tiene sus puntos fuertes y puntos débiles. Hay áreas en donde se desempeñan mejor otros lenguajes y áreas en donde Python manda indiscutiblemente. Python también permite una integración total con Bash, por lo que podés desarrollar un programa en Python y utilizar scripts en Bash como módulos independientes que sirvan al progama principal, sobre todo cuando esas funciones tienen que ver más con el control del sistema que con el objetivo del programa en sí. Usar bash en Python te permite utilizar otros programas del sistema a favor de tu propio programa en Python, tu alcance se multiplica mil veces.
Como lenguaje de base de datos, SQL sin lugar a dudas, ya sea por MariaDB (fork directo de MySQL) o SQLite3, cada uno tiene sus casos de uso. Uno permite gestionar más usuarios en simultáneo que el otro (MariaDB), el otro no necesita motor de base de datos ya que es un simple archivo, es liviano, potente y portable dentro de la arquitectura de tu propio software.
La opción va a depender de tu caso de uso en una situación en particular, pero lo seguro es que SQL es el lenguaje que vas a utilizar tanto en una opción como en otra.
Un tercer punto que estoy recomendando, tener conocimientos básicos sólidos en redes de comunicación.
Mucha suerte en tu camino.